Las investigaciones en trámite ante el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal N° 3, vinculadas a violaciones a los derechos humanos -delitos de lesa humanidad- ocurridos entre el 24 de marzo de 1976 y el 10 de diciembre de 1983, se centralizan en el marco de la causa N° 14.216/2003, caratulada “Suárez Mason, Carlos Guillermo y otros s/privación ilegal de la libertad agravada, homicidio...”, del registro de la Secretaría N° 6, las cuales tramitaran anteriormente ante la Cámara Federal, causa iniciada en 1986.

Dichas actuaciones comprenden la investigación de los hechos que se atribuyen a personal dependiente del Primer Cuerpo del Ejército o sometido operacionalmente a él, ocurridos en el ámbito de la Capital Federal, de la provincia de Buenos Aires -en su mayor parte- y la provincia de La Pampa, y que no se hayan incluido en la causa N° 44 incoada en virtud del decreto 280/84 del Poder Ejecutivo Nacional (que tramita en la ciudad de La Plata).

El período comprendido en dicha investigación es el comprendido desde el 24 de marzo de 1976 hasta el fin del autodenominado “Proceso de Reorganización Nacional”.

La sanción de las leyes de “obediencia debida” y “punto final” implicó la paralización del trámite de las actuaciones y la suspensión del proceso, entre 1987 y 2003, con relación a aquellas personas que se encontraban legitimadas pasivamente en las mismas.

La causa fue reabierta en septiembre de 2003 como consecuencia de la sanción de la ley 25.779, que declaró insanablemente nulas las leyes 23.492 y 23.521 (“punto final” y “obediencia debida”). En octubre de 2004, asumió como titular del juzgado interviniente el Dr. Daniel E. Rafecas.

A comienzos del año 2009, la causa contaba con aproximadamente 60.000 fojas de actuaciones en 300 cuerpos, a lo que cabe sumarle la documentación respaldatoria de los sucesos investigados, tales como legajos personales de integrantes de las distintas fuerzas, actuaciones judiciales, legajos de la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas, entre otros. Un equipo de siete funcionarios trabajan exclusivamente en estas investigaciones.

Desde el momento de la reapertura de las actuaciones, en septiembre de 2003, el juzgado dispuso hasta el momento (comienzos del 2009) el procesamiento 70 implicados pertenecientes al Ejército Argentino y a diversas fuerzas de seguridad, incluyendo al Servicio Penitenciario Federal, Gendarmería Nacional, Policía Federal y Secretaría de Inteligencia del Estado.