En el marco de la causa en la cual se investigan los crímenes llevados a cabo  por el personal del Primer Cuerpo del Ejército, el Juez Daniel Rafecas dispuso la detención del ex General de División del Ejército Carlos Alberto Martínez, quien durante la dictadura, estuvo a cargo de la Jefatura II de Inteligencia, y fue uno de los principales integrantes del Estado Mayor General del Ejército, órgano de asesoramiento directo al entonces Comandante General del Ejército y Presidente de la Junta Militar, Jorge Rafael Videla.

El Juez imputó a Martínez su participación en el plan sistemático de represión implementado durante la dictadura, en el ámbito jurisdiccional del Primer Cuerpo de Ejército, mediante el procesamiento de la información obtenida mediante los interrogatorios a víctimas detenidas, la infiltración, el análisis de la documentación y demás material capturado en los procedimientos de detención ilegal, para luego hacer la llamada “apreciación de inteligencia”, y determinación de “blancos”, que guiarían las acciones a seguir del plan represivo.

La imputación de Martínez se extendió a los padecimientos de más de un millar de víctimas, consistentes a la privación ilegal de la libertad, la aplicación de torturas y en muchos casos, el homicidio de ellas; detenidas en la vía pública o que permanecieron cautivas en algún centro clandestino de detención y tortura, entre el 24 de marzo de 1976 y el 23 de enero de 1978, fecha en que Martínez dejó el cargo de J II -Jefatura de Inteligencia-, y fue designado a cargo de la Secretaría de Inteligencia del Estado, cargo que ocupó hasta enero de 1982.

La imputación del nombrado quedó conformada por las víctimas que estuvieron en los centros de detención “Atlético”, “Banco”, “Vesubio”, “Superintendencia de Seguridad Federal”, “Azopardo”, “Cuatrerismo-Brigada Güemes”, “Comisaría de Monte Grande”, “Automotores Orletti”, “Hospital Posadas”, “Sheraton-Comisaría de Villa Insuperable”, “Comisaría Primera de Junín”, “Cárcel en construcción de Junín”, Destacamento de Morse”, entre otros; a la vez que se le atribuyó la privación ilegal de la libertad de siete personas secuestradas en la localidad de Marcos Paz, entre ellas Oscar Felipe Sánchez, Intendente de dicha localidad hasta 1976; como también el secuestro de un grupo de profesionales y empleados pertenecientes a la  Comisión Nacional de Energía Atómica.

También se le atribuyó el haber participado en el homicidio del Coronel –ascendido post mortem- del Ejército Bernardo Alberte, quien en la década del sesenta había sido edecán y asesor del General Perón, y quien el mismo día del golpe de estado, a la madrugada, habría sido arrojado por personal militar, desde la ventana de su domicilio.